20世紀(jì)70年代末，受伊朗伊斯蘭革命影響，一批巴勒斯坦激進(jìn)學(xué)生在埃及籌建了這個(gè)組織，其目標(biāo)是通過“圣戰(zhàn)”消滅以色列，在巴勒斯坦建立一個(gè)伊斯蘭國家；在伊斯蘭運(yùn)動(dòng)推動(dòng)下，重建統(tǒng)一的伊斯蘭世界。由于美國支持以色列，該組織視美國為敵人，仇視溫和的阿拉伯國家。1981年10月，埃及總統(tǒng)薩達(dá)特因?yàn)楹鸵陨墟藕投獾桨＜皹O端分子暗殺，該組織中的部分人員也參與了這次行動(dòng)。其后，這一組織的成員全部被驅(qū)逐到加沙地帶。此后，他們以加沙為基地，開始了頻繁的針對以色列的襲擊活動(dòng)，主要活動(dòng)地點(diǎn)在以色列被占領(lǐng)土、約旦、黎巴嫩。

　　長期以來，伊斯蘭圣戰(zhàn)組織一直未同哈馬斯建立聯(lián)系，直到1994年后才與哈馬斯進(jìn)行協(xié)調(diào)，共同采取行動(dòng)。

　　伊斯蘭圣戰(zhàn)組織得到伊朗、敘利亞的贊助，在貝魯特、大馬士革、德黑蘭、喀土穆設(shè)有辦事處。伊拉克戰(zhàn)爭后，敘利亞政府在美國的壓力下，關(guān)閉伊斯蘭圣戰(zhàn)組織在大馬士革的辦事處。