（1）清政府的伊斯蘭教政策

　　清代前期康熙、雍正、乾隆三朝，國勢興盛。清朝統(tǒng)治者崇奉佛教，尊重道教，入主中原后實際上是以儒家學說施政的，而對于“回教”則是防范多于信任。入關之初，清廷為了鎮(zhèn)懾前明殘余勢力，曾經(jīng)宣傳過“漢不及回”。但是，當著需要平衡民族關系的時候，清廷便改變調(diào)門，大呼“回不及漢”?？滴跄觊g，世有傳言，稱穆斯林“夜聚明散”，意在謀叛?？滴躅C布詔布，予以批駁，說“漢不及回”。雍正元年（公元1723年）、雍正八年（公元1730年）地方官吏奏請朝廷嚴禁回教，革除回俗。雍正痛斥了這些地方官吏的無知和昏庸。但同時認為回民是“甘為異類”的“鄙薄之徒”，“回教原一無所取”。所以雍正的民族政策是“回漢兼抑”。

　　為反抗清朝的階級壓迫和民族歧視，中國穆斯林同全國人民在一起，進行了多次反壓迫起義和斗爭，其中公元1856－1874年由杜文秀領導的云南回族穆斯林起義，公元1862－1877 年的西北回族穆斯林起義、 西北穆斯林起義在一定意義上是清順治五年（公元1648）米喇印、丁國棟領導的“甘州起義”和乾隆四十六年（公元1781）、四十九年（公元1784）蘇四十三、田五反清起義的繼續(xù)和發(fā)展。這些起義多以伊斯蘭教作為斗爭的思想旗幟和聯(lián)絡紐帶，教坊是起義者最基本的組織形式；有的由阿訇或門宦教主領導，禮拜寺為起義隊伍進行斗爭的據(jù)點。同時，伊斯蘭教提倡的“舍希德”（即圣戰(zhàn)）精神，鼓舞了他們英勇頑強的斗爭意志。這些起義和斗爭沉重地打擊了清王朝的民族壓迫，但各次起義均被清朝統(tǒng)治者殘酷鎮(zhèn)壓，致使人口銳減，大批穆斯林或被發(fā)配邊疆或被遷徙窮山僻壤之地，居住愈來愈分散，生活環(huán)境和社會環(huán)境更為艱苦，中國穆斯林蒙受厄難。

　　乾隆后期，清政府開始對伊斯蘭教采取高壓政策?；\絡中國伊斯蘭教上層分子，“以回制回”；利用不同教派，破壞和削弱伊斯蘭教；一旦矛盾激化，形成械斗，則堅決地以武力鎮(zhèn)壓，這是貫徹高壓政策的基本策略。終清一代，這一策略沒有太大的變化。

　　（2）教派、門宦

　　自清末民國初，由于社會矛盾和教派矛盾的發(fā)展，甘肅東鄉(xiāng)人馬萬福等阿訇，在“尊經(jīng)革俗”、“憑經(jīng)行教”的宗旨下，在西北的甘肅、青海和寧夏地區(qū)創(chuàng)立伊赫瓦尼派，后來傳至河南、山東、河北和新疆等地區(qū)。這是中國伊斯蘭教自明末清初以來繼蘇菲派傳入之后發(fā)生的第二次教派分化。經(jīng)過這兩次分化，形成了近代中國伊斯蘭教派別格局。至1949年，中國伊斯蘭教內(nèi)部分為格迪目、蘇菲主義門宦（包括虎非耶、戛迪林耶、哲赫林耶、庫布爾耶）、西道堂、伊赫瓦尼派、賽萊菲耶派等派。中國穆斯林大都屬于遜尼派的哈乃斐教法學派。各派別在基本信仰、教義上是相同的，只是在某些教律和修行禮儀細節(jié)上有所區(qū)別。