新疆歷史上就是多種宗教并存的地區(qū)，且一直持續(xù)至今。目前新疆主要有伊斯蘭教、佛教、基督教、天主教、道教等。中國政府實行宗教信仰自由政策，新疆全面貫徹執(zhí)行這一政策，依法保護公民宗教信仰自由權(quán)利，保障宗教界的合法權(quán)益，促進宗教事業(yè)健康有序發(fā)展。

宗教信仰自由是中國憲法賦予公民的一項基本權(quán)利?！吨腥A人民共和國憲法》規(guī)定：“中華人民共和國公民有宗教信仰自由。”“任何國家機關(guān)、社會團體和個人不得強制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教的公民和不信仰宗教的公民。”“國家保護正常的宗教活動。”國務(wù)院頒布的《宗教事務(wù)條例》規(guī)定：“公民有宗教信仰自由。任何組織或者個人不得強制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教的公民或者不信仰宗教的公民。信教公民和不信教公民、信仰不同宗教的公民應(yīng)當相互尊重、和睦相處。”中國的其他相關(guān)法律法規(guī)，對保障公民宗教信仰自由也有具體規(guī)定。國家強調(diào)在法律面前人人平等，公民有信教自由，也有不信教的自由，公民宗教信仰自由的權(quán)利與承擔(dān)相應(yīng)的義務(wù)相一致。侵犯公民宗教信仰權(quán)利要承擔(dān)法律責(zé)任，無論是否信仰宗教，違反法律規(guī)定同樣要承擔(dān)法律責(zé)任。

在新疆，各族人民充分享有宗教信仰自由的權(quán)利，信教或不信教完全由公民自由選擇，受法律的保護，任何機關(guān)、團體和個人不得干涉。截至2008年，全區(qū)有清真寺、教堂、佛道教寺廟等宗教活動場所約2.48萬座、宗教教職人員2.9萬多人、宗教團體91個、宗教院校2所。20世紀80年代以來，新疆赴沙特朝覲的人數(shù)已累計超過5萬人，近年朝覲人數(shù)保持在每年2700人左右。截至2008年，新疆宗教界人士在各級人民代表大會、政治協(xié)商會議擔(dān)任職務(wù)的有1800多人，他們代表信教群眾積極參政議政，并對政府貫徹宗教信仰自由政策進行監(jiān)督。

新疆現(xiàn)有10個少數(shù)民族的大多數(shù)群眾信仰伊斯蘭教，人口1130多萬。伊斯蘭教清真寺由改革開放之初的2000多座發(fā)展到現(xiàn)在的約2.43萬座，教職人員由3000多人增加到2.8萬多人。新疆伊斯蘭教經(jīng)學(xué)院成立以來，使用維吾爾語等少數(shù)民族語言授課，為全疆各地培養(yǎng)了489名伊瑪目、哈提甫或宗教學(xué)校教師,現(xiàn)有在校生161人。2001－2008年，新疆伊斯蘭教經(jīng)文學(xué)校培訓(xùn)宗教教職人員達2萬多人次。由各地（州、市）伊斯蘭教協(xié)會舉辦的經(jīng)文學(xué)校、經(jīng)文班和宗教人士帶培的塔里甫有3133名，畢業(yè)塔里甫1518名，已有803名擔(dān)任宗教教職。從2001年開始，為了培養(yǎng)高層次的伊斯蘭教教職人員，新疆先后選派47人赴埃及、巴基斯坦等伊斯蘭國家的伊斯蘭教高等學(xué)府留學(xué)深造。

歷史上，新疆地區(qū)不同宗教之間、同一宗教的不同教派之間發(fā)生過很多沖突。10世紀中葉，信仰伊斯蘭教的喀喇汗王朝和信仰佛教的于闐王國進行了40余年的宗教戰(zhàn)爭；明清時期，伊斯蘭教內(nèi)部進行了幾百年的爭斗。這些宗教之間的戰(zhàn)爭和宗教內(nèi)部的爭斗，嚴重影響了各宗教和教派之間的團結(jié)、社會的和諧與穩(wěn)定。新中國成立以來，宗教信仰自由政策的貫徹實施和對宗教事務(wù)的依法管理，促進了新疆各宗教的和睦相處，信教和不信教公民以及不同宗教信仰公民的相互尊重和理解，各族群眾沒有因為宗教信仰的不同和教派的不同而產(chǎn)生矛盾和沖突。