肇慶城東清真寺在端州區(qū)水師營(yíng)路。根據(jù)寺內(nèi)所存的“乾隆重修清真寺碑記”記載，該寺“創(chuàng)自唐宋”，但另有一說(shuō)始建于明代，清康熙、乾隆、道光年間曾多次修葺、擴(kuò)建。寺內(nèi)寬闊，今僅存禮拜殿，殿內(nèi)不設(shè)偶像，空無(wú)一物，體現(xiàn)出伊斯蘭教的特色。據(jù)寺碑記載，清真寺數(shù)次重修，乃伊斯蘭教入粵在肇慶留下的寶貴歷史文化遺產(chǎn)，1984年被列為肇慶市文物保護(hù)單位。

城東清真寺與肇慶當(dāng)?shù)氐慕逃⑾⑾嚓P(guān)。1946年，楊茂林阿訇在寺內(nèi)開(kāi)設(shè)經(jīng)堂，次年在眾長(zhǎng)老倡議、資助下，在原學(xué)經(jīng)班基礎(chǔ)上創(chuàng)辦肇慶私立清真小學(xué)。1949年以后，清真小學(xué)轉(zhuǎn)為公立。

20世紀(jì)80年代后期，端州區(qū)人民政府落實(shí)民族宗教政策，將大殿以南1684平方米用地歸還清真寺，并撥款將大殿改為鋼筋混凝結(jié)構(gòu)。

不過(guò)，城東清真寺真正投入使用是在2006年，肇慶市伊斯蘭教協(xié)會(huì)耗資人民幣60萬(wàn)余元，重建了阿訇住房、經(jīng)堂、會(huì)議室、沐浴室、衛(wèi)生間等，清真古寺投入使用。

名字雖然相近，但肇慶城西清真寺的建造要晚。史料記載，城西清真寺始建于清乾隆三十二年(1767年)，由劉士芳率穆斯林15人于肇慶西門(mén)購(gòu)地創(chuàng)寺，初僅有禮拜殿。眾穆斯林擁戴劉公為首任伊碼目，道光十一年(1831年)有較大規(guī)模擴(kuò)建。

1980年楊開(kāi)枝阿訇任教長(zhǎng)兼肇慶伊協(xié)會(huì)長(zhǎng)，開(kāi)始共商重建西寺。楊阿訇與香港穆斯林有一定聯(lián)系，曾得香港各界穆斯林教胞大力捐資，遂于1983年3月動(dòng)土建寺，1984年9月落成。新寺由回族工程師保俊文按阿拉伯式與我國(guó)傳統(tǒng)建筑風(fēng)格相結(jié)合設(shè)計(jì)，易磚木結(jié)構(gòu)為鋼筋混凝土結(jié)構(gòu)。其中，禮拜大殿為阿拉伯式，建筑面積360平方米，裝飾素樸典雅，莊嚴(yán)肅穆，四周回廊所用柱子均為石柱，殿門(mén)頂有“主思常念”匾，兩邊描聯(lián)為:“何須色相昭彰，去拜中嚴(yán)然如在；莫道典型迂遠(yuǎn)，冊(cè)卷內(nèi)自有真?zhèn)鳌?rdquo;