隨著回回人東來數(shù)量的不斷增加，伊斯蘭教已經(jīng)廣泛深入地傳播到內(nèi)地，唐宋（618—1279年）時的蕃坊制度已遠不能滿足元朝（1206—1368年）管理宗教民族事務(wù)的需要。于是元朝在中央和地方政府中設(shè)立管理機構(gòu)“回回掌教哈的所”，專門負(fù)責(zé)管理回回民族內(nèi)部事務(wù)和宗教事務(wù)。凡回回人較多的地方，設(shè)立“回回掌教哈的所”和“哈的”，管理穆斯林的宗教事務(wù)、刑名、詞訟諸事等。

　　“哈的”一詞系出自阿拉伯語，今譯作“卡迪”，意為“教法執(zhí)行官”，簡稱“教法官”，主要職責(zé)是依據(jù)伊斯蘭教法，對穆斯林之間的民事、商事、刑事等各類訴訟進行審判。在元中葉以前，“哈的”是伊斯蘭教中的高級教職人員，他既是宣教師、穆斯林宗教領(lǐng)袖，同時也是司法和執(zhí)法官員，穆斯林的長官。他的宗教和社會地位都很高，故朝廷也尊稱其為大師。

鎮(zhèn)江清真古寺外景

　　元時，“回回掌教哈的所”由若干“哈的大師”組成，其負(fù)責(zé)人稱作“回回掌教哈的”，其主要職責(zé)是為朝廷的皇帝祈禱祝福；掌管教務(wù)并于會禮時講經(jīng)宣教；依照伊斯蘭教的教法教律，受理穆斯林之間的刑名、戶婚、錢糧、詞訟等，管理伊斯蘭教內(nèi)部事務(wù)。

　　哈的既是政府的官員，又是穆斯林的宗教領(lǐng)袖，在一定意義上說，哈的制具有政教合一和一定自治的性質(zhì)。元朝在初置“回回掌教哈的所”時，曾頒降“敕書”予以批準(zhǔn)，并具體規(guī)定了包括司法權(quán)在內(nèi)的各種職權(quán)范圍，以便于統(tǒng)轄中國境內(nèi)的所有穆斯林。

　　元朝中后期（14世紀(jì)初中期），回回哈的所被最終廢止?？墒枪囊廊淮嬖?，但不再負(fù)責(zé)掌教念經(jīng)，為國祈福，而是繼續(xù)行使其司法職權(quán)，依照伊斯蘭教法解決穆斯林之間的訴訟問題，以迄元亡。

　　“回回掌教哈的所”的設(shè)置對伊斯蘭教在中國進一步深入系統(tǒng)地傳播，具有十分重要的意義。元代哈的為非穆斯林的蒙古帝王祈禱，并頌揚其文治武功等德政的實踐活動，也為明清之際回族學(xué)者“二元忠誠”(即既忠于真主，又忠于當(dāng)朝最高統(tǒng)治者)思想理論的創(chuàng)立提供了重要的依據(jù)。

　　隨著穆斯林人數(shù)和清真寺數(shù)量的不斷增加，滿足廣大穆斯林宗教生活的需要成為現(xiàn)實問題。于是，掌教制度開始發(fā)生變化，并逐步形成為三掌教制度，亦稱“三道”掌教制。

鎮(zhèn)江清真古寺內(nèi)景

山東青州真教寺

　　“三道”掌教制是指由伊瑪目、海推布、穆安津等三種教職人員共同掌教的一種制度。“三道”掌教制在明代完全確立，這是中國伊斯蘭教的一種創(chuàng)制，在一般伊斯蘭國家和地區(qū)尚屬少見，這也正是伊斯蘭教中國歷史環(huán)境中發(fā)展演變的產(chǎn)物。

　　元代中后期，“回回掌教哈的所”被取消，代之而來的是“教坊制”。所謂“教坊制”，實際上是一種特殊的組織形式，且不具有官方的政權(quán)色彩，即不是一級行政機構(gòu)，與朝廷的地方機構(gòu)無隸屬關(guān)系，而是一種王權(quán)體制下的穆斯林從事共同的宗教活動的一種宗教組織形式。其基本特點有：(1)各教坊相對獨立，教坊間沒有隸屬關(guān)系；(2)單一和互不結(jié)合性；(3)以一個清真寺為核心，形成融宗教、政治、經(jīng)濟、文化、民事處理、社會活動等為一體的教坊組織；(4)教務(wù)與寺務(wù)既分離又聯(lián)系。

　　這種組織形式起初形成于城市，隨著元朝“寓兵于農(nóng)”政策的實行，在廣大的農(nóng)村中也逐步形成了“教坊”。清真寺是教坊組織的核心，是形成教坊制度的基礎(chǔ)。

　　元時，清真寺在中國各地回回人聚居的地方普遍建立，它標(biāo)志著伊斯蘭教在中國成功地扎下了根。清真寺作為宗教活動的場所，起到了強化穆斯林宗教信仰和教育穆斯林自覺履行宗教義務(wù)、完成宗教功課的重要作用。從某種意義上講，它掌管著穆斯林的精神世界。元代，中國的穆斯林禮拜場所的名稱尚未固定化，多稱作“禮拜寺”、“回回寺”或“回回堂”、“真教寺”、“清凈寺”等。其功能與唐宋時期相比，也日趨多樣化：它既是穆斯林誦經(jīng)禮拜的場所，也是宣講教義和宗教常識的講壇；既是掌教等宗教首領(lǐng)處理坊內(nèi)事務(wù)的辦公場所，也是紀(jì)念亡故先賢的會場和為穆斯林辦實事的服務(wù)場所。后來還成為經(jīng)堂教育的中心。特別是隨著教坊組織制度的不斷發(fā)展和完善，以教坊為單位的經(jīng)濟與公益福利事業(yè)及義學(xué)等也相繼發(fā)展起來，成為穆斯林社會生活的重要場所。整個元代至明初（13世紀(jì)—14世紀(jì)中期），新建和重建的清真寺不計其數(shù)，但由于戰(zhàn)爭和自然災(zāi)害等原因，許多已無法考證。但就現(xiàn)存的來說，有杭州的真教寺即鳳凰寺、上海松江清真寺、昆明南城清真寺和永年寺、福州清真寺、山東青州真教寺、西安化覺寺、南京凈覺寺、濟南清真南大寺、北京牛街禮拜寺和東四清真寺等。