據(jù)說回族剛進入昌都時，由于人數(shù)少未能建立起一個獨立的伊斯蘭教活動場所，人們見面時只能互相致意。隨著回族人數(shù)逐漸增加和經(jīng)濟能力的提高，清代中、后期昌都回族集資修建了漢宮式的禮拜堂，當時昌都回族中由于陜西后裔占多數(shù)，禮拜堂門上掛起“陜西回館”金字木牌。陜西回館既是回族穆斯林禮拜的場所，也是陜西同鄉(xiāng)的文化娛樂活動中心。

陜西回館的修建，標志著伊斯蘭教在昌都開始扎根，當時昌都地方政府也沒有明確反對修建伊斯蘭教教堂。清朝時修建了昌都清真寺，建寺過程中駐防昌都的清軍中有許多信仰伊斯蘭教者給予了捐助。昌都清真寺修建之后，原有的“陜西回館”不再作為禮拜堂，成了陜西籍回漢人的聯(lián)誼館，故改名為“陜西會館”。昌都清真寺的建筑面積為2700余平方米，其中殿堂占地300余平方米，采用了中國傳統(tǒng)的四合院建筑形式。寺周圍布置了禮拜大殿、學房、阿訇住房、沐浴間、廚房、客房、月臺和屠場等建筑群，大殿的門上懸掛著藍底金字大匾。據(jù)說康熙五十八年間，皇帝賜封帕巴拉為呼圖克圖時，也御書賜給昌都清真寺。

昌都回族穆斯林舉行開齋節(jié)之外，還過伊斯蘭教的傳統(tǒng)節(jié)日“宰牲節(jié)”或稱“古爾邦”。這天昌都穆斯林男男女女，凈身新裝，到清真寺去進行禮拜活動，禮拜之后聚餐。節(jié)期清真寺統(tǒng)一宰羊，最后每家分送油香和羊肉。到了八月份，伊斯蘭教的圣紀節(jié)，恰逢昌都地區(qū)傳統(tǒng)的郊游季節(jié)，入鄉(xiāng)隨俗，昌都回族把伊斯蘭教圣紀節(jié)和昌都郊游結(jié)合起來，形成了地方特色的昌都穆斯林圣紀郊游節(jié)。這天所有的昌都回族穆斯林到北郊的穆斯林祖地“爸爸墳墓”園里，“爸爸”是昌都清真寺的創(chuàng)建人，也是昌都清真寺第一任阿訇之墓，昌都回族把他視同自己的爸爸一樣敬重。這天穆斯林信徒在墳園里搭起帳篷，宰牛宰羊，贊圣拜謁陵墓，朝夕焚香，晨昏祝頌，緬懷祖先，誦經(jīng)三天。圣紀節(jié)期間外來任何回族都可以參加這一宗教活動。昌都回族穆斯林世代生活在藏區(qū)，舉行的伊斯蘭教宗教活動，不可避免地受一些當?shù)氐牧曀椎挠绊懀缬龅揭了固m教節(jié)慶時家里點酥油燈，清真寺大門口建有如佛教寺一樣的高大香爐，天天早上虔誠的穆斯林婦女焚燒柏枝祭真主。

西藏東部重鎮(zhèn)昌都，位于瀾滄江上游雜曲與昂曲匯流處，人口2萬余，建縣已有2百多年的歷史，但是這里有穆斯林卻鮮為人知，特別是1991年冬還修復了一座小清真寺。

據(jù)傳，伊斯蘭教是在清朝初期傳人昌都的，主要是甘肅、青海一帶進藏的商人?，F(xiàn)在，寺內(nèi)還存有清乾隆年間的碑文，上書有“昌都縣清真寺字樣。據(jù)當?shù)乩先苏f，原先昌都有過3座清真寺，由于這里的穆斯林長時間生活在藏區(qū)，交通不便，與內(nèi)地接觸少等原因，有些逐步地藏化了。

現(xiàn)今，昌都縣有回族穆斯林18戶，另外，在這里長年經(jīng)商的外地穆斯林有2O0百人，他們都盼望昌都有一座清真寺。因此，昌都縣政府撥出?？?萬元，群眾自籌資金5千多元，在政府的親切關(guān)懷和大力支持下，一座結(jié)構(gòu)精巧、樸實幽雅的小清真寺終于在1991年12月13日落成了。

寺占地2.3畝；禮拜殿總體建筑呈傳統(tǒng)歇山式，殿內(nèi)長8.5米，寬52米，建筑面積54平方米，能容納1O0多人禮拜。殿門正中高懸“宏揚真教”木雕漆金匾；殿前臺階下有一棵百年楊樹，與大殿漆紅門欄相對，別具風韻。