在和闐戰(zhàn)爭(zhēng)尚在進(jìn)行之際，喀喇汗王朝在中亞取得了重大的軍事勝利，于公元999年滅亡了它的老對(duì)手薩曼王朝。這不僅鼓舞了同于闐作戰(zhàn)的喀喇汗王朝軍隊(duì)的士氣，使它最終取得了勝利，更激發(fā)了喀喇汗王朝統(tǒng)治者的政治野心。在和闐戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束后不久，喀喇汗王朝就把“圣戰(zhàn)”的目標(biāo)指向了高昌回鶻王國(guó)。

對(duì)高昌回鶻的宗教戰(zhàn)爭(zhēng)是喀喇·汗王朝大汗阿赫馬德·托干汗親自組織和發(fā)動(dòng)的。他率軍從八拉沙袞出發(fā)，越過(guò)伊犁河，攻人吐魯番。高昌回鶻進(jìn)行了頑強(qiáng)的反擊，打退了入侵之?dāng)场?017年，30萬(wàn)高昌回鶻大軍跟蹤追擊到喀什噶爾，并一直挺進(jìn)到距八拉沙袞僅八日路程的地方。正在患病的阿赫馬德·托干汗不得不帶病組織人馬進(jìn)行反擊，并戰(zhàn)勝了高昌回鶻的軍隊(duì)。阿赫馬德·托干汗又親自率軍追擊，再次攻人了吐魯番，同高昌回鶻展開(kāi)了激烈的戰(zhàn)斗?！锻回收Z(yǔ)詞典》中收錄了關(guān)于這次戰(zhàn)爭(zhēng)的大量詩(shī)歌，反映了戰(zhàn)爭(zhēng)激烈殘酷的程度。其中一首詩(shī)歌這樣寫(xiě)道：“我們給戰(zhàn)馬佩上記號(hào)，向著回鶻地區(qū)的塔特<指不信伊斯蘭教的回鶻人)，向著盜賊和惡狗，像飛鳥(niǎo)一樣飛速進(jìn)發(fā)。”喀喇汗王朝的軍隊(duì)對(duì)高昌的回鶻人進(jìn)行了殘酷的殺戮：“我們進(jìn)行夜襲，我們四周包圍，我們斬去其額發(fā)，我們砍殺孟拉克(高昌回鶻地名)人”?？雇醭婈?duì)在高昌不.僅屠殺回鶻佛教徒，對(duì)佛教文化也大肆進(jìn)行破壞。

于阿赫馬德·托干汗病情加重和高昌回鶻的頑強(qiáng)反擊，喀喇汗王朝不得不撤軍罷戰(zhàn)。喀喇汗王朝對(duì)高昌回鶻的這次“圣戰(zhàn)”無(wú)果而終。此后，喀喇汗王朝陷入無(wú)休止的內(nèi)部紛爭(zhēng)，無(wú)暇再進(jìn)行武力傳教。